國家蚊媒中心的研發主軸分布在三個面向：
一、開發「以蚊治蚊」利用沃爾巴克氏菌生物防治技術
✦開發安全菌種 ✦建構自動化量產飼養系統 ✦傳感器研發與演算法分離雌雄蚊種 ✦監控與評估未來環境實際野放情形 ✦以不育雄蚊降低野生子代孵育率 ✦重複監控種群大小變化速度的差異
二、區域性監控環境變異與病媒蚊活動情形
✦實地採集與調查病媒蚊分布 ✦建立族群種庫資料 ✦分析大數據統計結果
三、產學合作建立
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