本計畫以「預防及控制(prevention and control)」為主軸，結合疾管署、環保署、地方縣市政府防疫工作，將蚊媒相關的研究成果導入至中央與地方的第一線防治工作，期能完成資訊整合、流行病學預測及建置決策支援系統， 建立中央與地方分工合作於蚊媒傳染病防治之機制， 並設立蚊媒防治研究示範社區以探討我國最佳蚊媒防治策略，同時強化病媒生態田野調查、提升我國蚊媒防治核心技術，健全防治中心功能並帶領與培育蚊媒防疫人員，亦建立具高效能的登革/茲卡病毒整合偵測系統與臨床診治指引及優化中心政策評估與風險預測功能， 以降低蚊媒將病毒傳播給國人，減少蚊媒傳染病發生。 此外，更建立蚊媒傳染病機制研究及其先導實驗室，以結合產學研界開發具潛力之治療藥物及防蚊產品。
