竹南院區
地址：苗栗縣竹南鎮科研路35號
一、 自行開車：
- 行駛國道一號：
經由國道1號至頭份交流道，下交流道後左轉新竹方向(台13線)(下交流道即可見指標)，→右轉接台一 省道(中華路)→經南海休息站→左轉科東二路→至台灣動物科技研究所→左轉進入科研路→國衛院2號或3號門進入院區，由本院竹南院區2號或3號門警衛換證後通行，將車輛停放於戶外停車格線。 - 行駛國道三號
經由國道3號至香山交流道，下交流道後左轉頭份方向(下交流道即可見指標)，直行至科學路左轉，直行即可見右手邊拱型大門，右轉科中路到底即為本院二號門，由本院竹南院區二號門警衛換證後通行，本院行政大樓圓環南側及1.2門沿線備有貴賓訪客停車格。
二、大眾運輸系統：
- 搭乘高鐵台灣高鐵
- 搭乘高鐵到苗栗站，至1號出口轉搭高鐵快捷公車（101A）至「國家衛生研究院站」下車。
- 搭乘高鐵到苗栗站，於台鐵「豐富站」轉搭台鐵火車至「竹南火車站」後，搭乘計程車或高鐵 101A 接駁車至本院。
- 於台鐵新竹站（竹北）下車後，轉搭計程車至本院（需視路況而定，車程約40分鐘，車資約NT$700元）。高鐵站出口計程車排班站搭乘計程車入區，費用依公定跳表費率計算。
- 搭乘高鐵到新竹站，於4號出口右方[高鐵客運轉運站第一月台]搭乘新竹科學園區巡迴 巴士橘線，進入園區科技生活館後轉搭新竹科學園區紫線巡迴車至竹南院區至本院。
- 搭乘客運
- 台北國道客運站國光客運，至頭份客運總站下車後，轉搭計程車至國衛院二號門進出 (計程車車程約10-15分鐘)。
- 於新竹火車站前中正路上搭乘5801 (新竹→頭份)，於頭份中華路上頂大埔站下車後，右轉科研路 (園區天橋)，步行20分鐘可至本院竹南院區二號門。
南部臨床研究中心
地址：台南市北區勝利路367號
- 台南院區位處成大醫院建築群中，位置及在成大醫院正對面，大眾運輸工具資訊可參考成大醫院架設之網頁(http://www.hosp.ncku.edu.tw/nckm/HomeStyle.aspx?Type=1&ContentPage=11)，有公車資訊、高鐵接駁、成大醫院接駁車及停車資訊。
